M. bipartitus có phạm vi phân bố ở Ấn Độ Dương. Từ bờ biển Oman–Yemen, loài này được ghi nhận dọc theo bờ biển Đông Phi, từ Zanzibar trải dài về phía nam đến Nam Phi, bao gồm Madagascar và các đảo quốc lân cận, phía đông trải dài đến Maldives và quần đảo Chagos[1][3].

M. bipartitus sống xung quanh các rạn san hô trên nền đáy cát trong các đầm phá và vùng biển ngoài khơi ở độ sâu đến 30 m[1].

Phân loài M. bipartitus marisrubri có phạm vi phân bố giới hạn Biển Đỏ, đã được công nhận là loài hợp lệ, Macropharyngodon marisrubri.